扁鹊禁方
《史记·扁鹊仓公列传》载，先秦时有长桑君，对扁鹊说：“我有禁方，年老，欲传与公，公毋泄！”“乃悉取其禁方书，尽与扁鹊。”其药方书籍叫做“禁方”。禁方指禁止随意传授之医方，且传授事先需要斋戒沐浴，歃血为盟等。其保密或有伦理道德或经济上的考虑，在此不做讨论。禁方实际包括不同的治疗方法，如《史记·扁鹊仓公列传》中记载的“扁鹊云：药石有阴阳水火之剂”“五石散”“论药法”及“定五味和剂汤法”等均属于“禁方”，另又有“禁脉”。
西汉晚期李柱国主持校医书之前，中医内治法相关的概念有“禁方”“水火之剂”“和剂汤法”“本草”等，但并没有“经方”的名称。两汉“本草”指使用草木、金石或动物类药物治疗疾病的医学技术，并非东汉末期的各种《本草经》专论本草药物的含义，但并不是说《本草经》出现之前没有本草学，比如仓公有“《药论》”，大概率是类似《本草经》的药物学专著。
西汉曾经有过“本草待诏”的医散官，另有“尚方待诏”的方术散官，是不同的职业，前者从事医疗，后者从事求仙长生，不属于医学。二者均不设固定岗位，有事召之即来，无事则处于居家待命状态，故名“待诏”。
《史记·扁鹊仓公列传》云“扁鹊曰：‘阴石以治阳（原文为“阴”）病，阳石以治阴（原文为“阳”）病’。夫药石者有阴阳水火之齐，故中热，即为阴石柔剂治之；中寒，即为阳石刚剂治之。”文中的“阴阳”指代“寒热”，阴阳与水火同义，为寒热对治法。水火之剂是治疗寒热两大类病症的方剂，是西汉经方的前身。而仓公提到的“定五味和剂汤法”，是西汉医经中“调百药剂和”的前身。
“调百药剂和”即“和剂”，不属于本草经方，而划归医经“以物相使”，意味着“和剂”与经方存在区别。这种区别首先是排除“本草石寒温”即非寒热对治的祛邪法，而是平性补虚法，多用食品，如“汤液”“醪醴”等。但是和剂与经方的补虚祛邪又是可以组合在一起使用的，这就使得后世对汉代内治法分为医经与经方两套理论体系产生困惑，直到张仲景的医方论将此问题彻底解决。
医经中“针石汤火”是四种外治法，包括针刺（即砭石的鑱针浅刺）、砭石割破、汤熨、火灸，是扁鹊医学外治法的专长。西汉早期的金属针具或刀具，都是从砭石功能形态衍生，如鑱针本为砭石之名，铍（?）针本为砭石破脓等。
西汉仓公淳于意师事多人，得到扁鹊医学的真传，并且广泛授徒，使得先秦以来医学技术保密禁条逐渐有解禁趋势。汉文帝召见仓公问医事而有仓公医案、医论录入《史记·扁鹊仓公列传》，保存了珍贵资料。此举不仅推动医学理论传播交流扩散，还使得后人据此可能了解扁鹊、仓公的医学与西汉校书之后出现的医经、经方的关联。
内服汤药丸散等的内治法体系，扁鹊、仓公标榜为“水火之齐”与“和剂汤法”。西汉晚期，由李柱国主持校方技四类，分类“医经”与“经方”为医学主体部分，另有“房中”“神仙”养生之术。此时的“经方”概念为“本草石寒温”而“致水火之剂”的寒温祛邪体系，并非后汉张仲景之后的经方概念。而两种“经方”的概念均不能构成学派，因两种经方均局限于内治法，并且是一脉相承的传承关系。但是后世“经方派”的称谓，除了因对两种经方概念的混淆与误解，还因医经理论逐渐出现的阴阳五行、脏腑、经脉辨证用药体系，被称为“医经派”或“时方派”，有别于宋以前的内治法理论。
东汉末张仲景作医方论，是继承两汉医学内治法的成果。在水火之剂的经方十一家基础上，张仲景用“表里之治”将水火之剂的经方重组，继而用虚实对称的递归，融合医经和剂与经方二种内治法，这是中国医学史上的重大事件。仲景书最初没有命名，或名“张仲景方论”“张仲景辨病”“评病”等，后逐渐改名为“辨伤寒”，最终称为“伤寒论”。其间因各种原因，至今仍误会重重，须加详论方能厘清。
南北朝谢士泰《删繁方》使用“十一脏腑经脉虚实补泻”的理论方法将内治法与外治法统论，不同于张仲景《伤寒论》而另辟蹊径。其理论特征是十一经脉、脏腑的表里阴阳、虚实关系；其内治法基于扁鹊经方与和剂的综合；其外治法针刺理论具有早期黄帝体系《针经》的特征，即诊断病名体系与治疗局限于阴阳经脉的表里关系，一虚一实，乃至有“热则应脏，寒则在府”的对称定义形式。后世用“六经”理论改构《伤寒论》，以及人迎寸口脉针法的衍生，均延续这种“阴阳两两对称”的思维惯性。《删繁方》十一脏腑的内治体系，也是两汉脏腑、经脉辨证体系的延续，但主体仍为阴阳表里虚实的关系而并不是“五脏为纪”，且没有使用五行生克理论，这是极其重要并且被中医理论界长期忽略的史实。《删繁方》不同于张仲景《伤寒论》的理论体系，因而埋下“医经派”与“经方派”分判的种子。可以说《删繁方》才是内治法“医经派”真正的老祖，而《素问》只不过是受其影响并加以层累改进。所谓“医经派”与“经方派”的差异，表面上因为六朝之后的改写，成为“六经辨证”体系与脏腑辨证体系的差异。但实际差异并不在此，而是寒热、表里、虚实的递归定义体系，与医经原人血脉的解剖结构化定义加上阴阳五行术数框架限制的类比体系的差异。严格来说，《删繁方》依然是扁鹊体系，不同于黄帝体系的“言阴阳五行以为黄帝之道”。
六朝的黄帝医经继承了扁鹊体系，如《删繁方》《黄帝养生经》的部分理论乃在其基础上的层累，其特征是五行理论的地位更加突出，体现出阴阳与五行合流之后第二阶段的特征。除了五行从地道变为天道，以五脏为纪，另有五时对阴阳四时的改写。从仲夏到长夏的衍生，意味着汉代阴阳统五行的时代结束，而五行统阴阳的时代开启。“六气因五行生”所造成的颠倒，将《黄帝养生经》中的食疗法即后人简称为“脏腑五苦欲补泻”的一套食治方法以五脏形式论述，并删除或合并淡味，继而又呈现出“五味”理论与《太素》中有淡味的“六味”理论发生抵牾。因两汉“天六地五”再到南北朝黄帝医经体系的“天五生六”，在阴阳与五行的关系以及六五关系的反复之下，运气大论将五与六的关系重构，形成“天六地六”的理论基点。
运气学说在“阴阳大论”四时致病理论的影响下，进一步提出“天有阴阳，地亦有阴阳”。从“风寒暑湿”到“寒暑湿燥风”再变为“六淫”“风寒暑湿燥火”，并在“脏腑五苦欲补泻”的五味加淡味，或者说摆脱五行理论对药法的影响而复原淡味，通过五行加相火，并用“六淫”与三阴三阳“六经”结合，将一年分为“六节”，形成新一套理论体系。显而易见，这是对南北朝以来的黄帝体系《素问》五行为纪理论的一次较大修正，重新回到了“阴阳为纲”。在北宋晚期宋徽宗行政推广统一官试之后，运气学说影响深远。运气七篇在唐代王冰注《素问》时汇入，王冰本《素问》在北宋被冠名“黄帝内经”，不同于全元起八卷本《素问》。两个版本的《素问》并见于《宋史·艺文志》，可见运气七篇是王冰本《素问》被尊为“黄帝内经”的唯一直接理由。
阴阳大论不仅是运气外感六淫“预测”学说的主根，更是将“三因”疾病论（生于外属外感风寒暑湿，生于内属饮食居处房室劳倦喜怒情志，生于不内外属虫兽金创外伤）全都局限为外感“冬伤于寒”的“阴阳大论”。运气学说中的“不治（王，寒热对治），五味属”非外感治法成为烂尾，仲景论疾病之医方论，就只剩下“伤寒外感卒病”而被称为《伤寒论》。
北宋钱乙在小儿治法中提出“五脏补泻方”是在《素问》“五脏为纪”理论基础上的创造，既不同于《删繁方》的十一脏腑虚实补泻，也不同于仓公四时脉法中配属五脏的局限病机，成为首次使用五脏分类疾病的内治法理论。元末明初滑寿《五脏补泻心要》直接引用钱乙的小儿五脏补泻方，并使用“五苦欲补泻”进行药法解释，首次明确地将食疗法歪曲为药法。在滑寿《五脏补泻心要》基础上的《辅行诀脏腑用药法要》同样将食疗法“五苦欲补泻”误为本草经方药法的“基础理论”，并伪托陶弘景，编造有关《伤寒论》的经方医学史。
除了医经经脉、脏腑理论，更重要的是黄帝医经体系阴阳五行理论的持续演化对内治法理论的逐步渗透和影响。从经方强调水火寒热、医经强调表里虚实，变为对应脏腑、经脉虚实补泻的结构化理论，并伴随阴阳五行关系的不断演变，体现出推崇黄帝医经的学者试图使用阴阳五行类比术数范式，一统内治法与外治法理论的强烈意愿。
“言阴阳五行以为黄帝之道”的黄帝医经，是基于扁鹊医学体系“天六地五”、六腑五脏、十一经脉，并加以理论改写。不同时期阴阳五行理论对天六地五、六腑五脏的解释不同。从天六地五（扁鹊体系），到天五生六（《素问》体系），再到运气学说的“天六地六”（如五行加相火、五味加淡味），再到金元四大家再次回到“以五统六”，其间充斥着各种抵牾与艰辛曲折。
南北朝之后，诸如“阴阳大论”“六经”等医经理论对张仲景《伤寒论》持续改构，导致对原著产生严重误解，并衍生出各种问题。出现这种改构的根源在于历史文化背景。以汉武帝“制曰以五行为主”，董仲舒实现阴阳五行的首次合流，再到东汉光武帝“宣布图谶于天下”为背景，医学理论逐渐从“生生之具”最终变为诸子阴阳家与术数五行家合流而为“阴阳五行”的谶纬术数体系。经过魏晋玄学对《周易》的拔高而有五行为纪产生五时的观念。宋徽宗因崇拜运气大论，而冠名《素问》为“黄帝内经”，造成的深远影响，是中医内治法理论在张仲景之后理论变化最大的背景与推手。这种演化，看似理所当然，势所必至，事实上却更可能是历史文化的偶然。