中医学院是北京中医药大学历史最长、规模最大的集教学和科研及医疗服务为一体的学院。
其前身为北京中医学院中医系，创建于年。年经卫生部批准成立了中医基础理论研究所，实行系所合一的管理体制，年更名为中医基础医学部。
年1月经教育部批准正式改名为北京中医药大学基础医学院。年6月，原北京针灸骨伤学院与北京中医药大学合并，划归教育部管理，同时成立了新的北京中医药大学基础医学院。年10月，基础医学院正式更名为中医学院。
自创办之日至今，许多为新中国中医药事业做出开创性贡献的国医泰斗在基础医学院执掌教席，经过近60年的学术积淀，现学院优秀师资丰厚，名师荟萃；重点学科数量多，实力雄厚，科研成果显著，国际交流频繁；教学基地完善，体系健全，专业设置合理，特色突出。
近60年来，中医学院培养了一大批功底深厚、成就卓著的国医大师与国医精英，在中医学理论、科研及临床研究应用等各个领域取得了丰硕的成果。
目前学院有专职教师人，其中教授66人，副教授77人。
博士生导师50人，硕士生导师75人。国医大师1名；全国名中医2名；全国中医药高等学校教学名师2名；“”首席科学家3名；长江学者2名；百千万人才工程国家级人选3名；万人计划科技创新领军人才1名；享受国务院特殊津贴的专家先后有37名。
学院下设17个教研室、6个研究中心、2个实验中心。其中中医学和中西医结合基础学科为国家级重点学科，两个学科在全国排名均是第一；3个北京市重点学科和11个局级重点学科，博士、硕士学位授予点各12个，2个博士后流动站。1个国家级科研基地，2个教育部兼北京市重点实验室，3个国家中医药管理局重点实验室，其综合实力在全国同类学院中名列前茅，现已成为全国乃至全世界中医药学术的权威学府。
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